Category Archives: plasmid construct

Menyiapkan vektor dan insert untuk DNA rekombinan baru


Untuk membuat konstruksi plasmid rekombinan yang baru, biasanya kita menyiapkan vektor (plasmid) dan insert (gene of your interest). Agar insert ini bisa masuk dan menyisip ke dalam vektor pada posisi dan orientasi yang benar, maka perlu dilakukan pemotongan dengan enzim restriksi. Enzim restriksi bisa menghasilkan dua macam potongan, yaitu ujung tumpul (blunt end) dan cohesive/sticky …

Continue reading

PREPARASI PLASMID SKALA SEDANG DENGAN QIAGEN MIDI KIT


A. Preparasi Kultur Bakteri untuk Isolasi Plasmid Skala Sedang 1. Inokulasi Kultur bakteri untuk preparasi plasmid ditumbuhkan dari stok gliserol ke dalamĀ  5 ml media LB cair dengan agen seleksi tertentu (antibiotik) selama semalam. Untuk hasil yang baik, kultur bakteri ditumbuhkan dari koloni tunggal yang diambil dari koloni baru yang ditumbuhkan pada media seleksi agar. …

Continue reading

Enzim Restriksi Endonuklease


Enzim restriksi endonuklease (enzim restriksi) mengenali urutan nukleotida spesifik dan memotong DNA pada posisi di antara atau di luar sekuen yang dikenalinya tersebut. Enzim ini telah ditemukan lebih dari 30 tahun yang lalu sehubungan dengan fenomena pemotongan yang spesifik terhadap bakteri inang dan modifikasi oleh virus bakteri. Bakteri pada mulanya tahan terhadap infeksi virus karena …

Continue reading

PicaGene-Control Vector


Now, I am doing luciferase assay and have to make control vector. I have PGV-B (Pica Gene Vector-Basic) and pcDNA3. I have to cut CMV promoter of pcDNA3 and insert it into PGV-B poly-cloning site. Cutting a vector is not a big problem for me. The problem is when I have to extract the fragment …

Continue reading

Analyzing a Ligation before Transformation


I am afraid if I fail again! Oh, no! It is too bad. I did it until I cut the band from the agarose gel..but I did not do DNA isolation perfectly. Last night before, I was very tired and sleepy so that I did not see the undissolved gel! That was terrible thing I …

Continue reading

SDS reagents


I was going to digest my plasmids to make a new construct. When I saw the reagent to stop the restriction enzyme reaction, it was undissolved. The reagent consists of 5% SDS in 0.1 M EDTA solution. Another SDS reagent, 0.2M NaCl/1% SDS or popular as Solution II (for DNA isolation), was also undissolved. I …

Continue reading