Ngeblog yuuuk


Menulis di blog merupakan salah satu hobi saya sebelum saya mengenal medsos, .. informasi tidak penting ya?

Saya berusaha untuk kembali ke blog dan membangun kembali diri saya..mengapa? Dulu sebelum saya bergabung di medsos, ke khawatiran saya antara lain: kita bikin status, komen, chat, semua orang bisa tahu dan lihat.. kalau hal yang baik, bisa nambah pahala, tapi kalau tidak… bisa runyam dan menjadi orang yang pailit kita di akhirat nanti. Tanpa sadar menyakiti orang lain, menyinggung orang lain, nggibah massal,… riya.. oh, oh, oh..

Tidak aktif di blog bukan berarti ga eksis, apalagi ga narsis. Tapi berusaha menahan diri dari pengaruh yang lebih buruk.

Astaghfirullahal adziim, saya berserah diri pada Allah.

Mari kembali ke blog dan men-share sesuatu yang bermanfaat.

 

What is your novelty?


This is a common question from a great teacher. of course! Is that easy to find such a great novelty?

What people do to get novelty generally is not only by following other works, but to find their own idea. The idea can arise from literature study, but will be deepen by doing our own experiment in our bench. Yes, in my feeling, it needs experience.

You need your thema, you need your imagination, decide experiment, work harder and harder,…then you will find a better idea,..which can be a better novelty. But, during this process to find your best candidate, it can be time consuming.

The candidate can be achieved by screening and utilized high throughput screening technic, such as screening for a regulatory gene/protein by microarray, MS analysis, combination work with IP/pull-down analysis (depend on which level we want to search: DNA, mRNA, protein); siRNA screening for finding candidate receptor, interacting protein etc.; making mutant; using DNA library…  It is complicated and time consuming. And the one I am doing here is making monoclonal antibody. And this is not just a screening. This is screening inside screening process and so exhausting. Yup. But those are what people do here.

And back again with the question, what is your novelty?

Anyway,..working as doctoral student need not only imagination and ideas, I also need to be focus, because I only have 3 years to complete everything. This is hard. Quite hard. Now, in the beginning of my 3rd year of PhD program, I started to be down to earth, making an achievable model, more focus, study more, work less,…ahaha…being happy and enjoy family time…Tawakkal to Allah, ask prayers from parents…

What will be your novelty? You decide! I, get my own idea 😉

 

 

Living in peace in a black box


Tulisan ini diinspirasi dari aktivitas selama International Student Workshop 2016 yang diselenggarakan NAIST, Jepang. Sebagai peneliti muda, selama saya belajar di NAIST, saya sering memikirkan, apa kiranya riset yang akan saya kembangkan setelah kembali ke LIPI. Melalui kegiatan workshop ini, saya juga berinteraksi dengan mahasiswa dari UC Davis, Amerika dan Chinese Academy of Science (CAS), China. Tulisan saya sebelumnya berjudul “Kemandirian itu dimulai dari sesuatu yang sederhana.” Dan hal itu diperkuat lagi setelah saya mengikuti workshop ini.

 

Pertama-tama, saya ingin menyampaikan dua topik penelitian yang menarik yang menurut saya, dimulai dari suatu pertanyaan kreatif yang sederhana dan original. Kedua ini sangat cemerlang dengan menggunakan teknik biologi molekuler sebagai sarana untuk memperdalam kajian ilmiah untuk menemukan kemungkinan aplikasi dari ide-ide tersebut.

 

Kedua ide tersebut adalah:

  1. Bagaimana komposisi komunitas bakteri pada permukaan akar padi saat dihadapkan pada cekaman kekeringan (drought stress)?
  2. Bagaimana peran immunoglobulin A (IgA) dalam memusnahkan bakteri jahat/pathogen di lumen usus?

 

Bagaimana komposisi komunitas bakteri pada permukaan akar padi saat dihadapkan pada cekaman kekeringan (drought stress)?

 

Penelitian yang pertama dilakukan di California. Latar belakangnya adalah kekeringan yang terus meningkat di salah satu daerah penghasil padi di Amerika tersebut. Pada akar tanaman, hidup komunitas bakteri yang menempel pada permukaan akar yang disebut rizoplane. Komunitas bakteri ini dipengaruhi oleh jenis tanah dan tanaman. Bagaimana jika tanaman dihadapkan pada kondisi cekaman kekeringan? Apakah komunitas bakteri akan berubah? Adakah bakteri yang berperan dalam meningkatkan harapan hidup dari tanaman tersebut, yang dalam hal ini adalah padi?

 

Dari ide ini, dilakukan isolasi bakteri pada rizoplane dan dilakukan sekuensing untuk menentukan jenis bakteri apa saja yang ada (microbiome). Teknik yang digunakan adalah high throughput sequencing yang memungkinkan sekuensing sampel dalam jumlah yang besar. Data yang diperoleh menunjukkan bahwa komposisi bakteri berubah pada saat sebelum dan setelah dilakukan cekaman kekeringan. Kelompok bakteri tertentu mendominasi komunitas bakteri setelah cekaman kekeringan, dan bakteri yang dominan tersebut adalah actinobacteria. Untuk mengejar potensi aplikasi yang dapat dikembangkan, selanjutnya komunitas bakteri buatan, di mana komposisi bakterinya sudah ditentukan, akan digunakan untuk pengujian selanjutnya.

 

Kemudian saya teringat akan tumpang sari (polyculture), rotasi tanaman, juga sistem mina padi yang sudah lama diterapkan di Indonesia. Selain itu juga penggunaan pupuk kompos dan pupuk kandang untuk pertanian. Bagaimana komposisi bakteri pada kondisi tersebut? Apakah tanaman yang ditanam akan lebih tahan terhadap cekaman kekeringan?

 

Bagaimana peran immunoglobulin A (IgA) dalam memusnahkan bakteri jahat/pathogen di lumen usus?

 

Ide ini dilatarbelakangi dengan perubahan komunitas bakteri yang hidup di lumen usus. Banyak penyakit yang disebabkan oleh perubahan komposisi bakteri di usus, seperti misalnya diare, kolitis, dan kanker. Pada kondisi normal komposisi bakteri di usus adalah bakteri baik : bakteri oportunis : bakteri non-beneficial (tidak menguntungkan bagi manusia, tapi mungkin menguntungkan bakteri yang lain, sehingga dia bisa tetap tumbuh di usus) = 2 : 7 : 1. Gaya hidup dan pola makan merubah komposisi mikroba yang tumbuh di usus sehingga menimbulkan penyakit.

 

Di dalam usus, terdapat sel B pada lamina propia yang menghasilkan IgA. Ada 2 macam IgA, yaitu IgA dengan afinitas tinggi dan afinitas rendah. Pada banyak penyakit, usus gagal memproduksi IgA dengan afinitas tinggi untuk berikatan dengan bakteri jahat. Penelitian yang dilakukan kemudian adalah dengan mengisolasi sel B dari mencit dan memfusikannya dengan sel myeloma untu mendapatkan hibridoma penghasil IgA yang dapat dikultur secara in vitro.

 

Kemudian, IgA yang diperoleh dipurifikasi dan diseleksi untuk mendapatkan IgA afinitas tinggi yang dapat berikatan dengan bakteri pathogen, tetapi tidak berikatan dengan bakteri baik (Lactobacillus casei). Meskipun ada hal yang aneh, yaitu mencit yang digunakan untuk isolasi sel B adalah mencit SPF (specific pathogen free), dari seleksi yang dilakukan, diperoleh satu kandidat kuat IgA yang dapat memperbaiki kondisi setelah kolitis pada hewan uji. Penelitian ini telah dipublikasi di Nature Microbiology 2016 (http://www.nature.com/articles/nmicrobiol2016103) dan sedang dalam proses paten. Saat ini, profesor Shinkura (nama yang terakhir) menjadi profesor tetap di NAIST.

 

Lalu, apa hubungannya dengan judul yang saya utarakan di awal: “black box”?

 

Pada saat makan siang, salah satu profesor bertanya pada saya, “Apa yang akan kamu lakukan setelah kembali ke Indonesia? Apakah kamu akan melanjutkan penelitian yang kamu kerjakan di sini?” Tentu saya jawab tidak. Kemudian profesor tersebut berkata “Kamu seharusnya memang tidak melakukan hal itu. Lakukanlah sesuatu yang unik, yang hanya bisa dikerjakan di Indonesia.”

 

Dan saya sadar bahwa Indonesia adalah negeri yang kaya. Banyak budaya maju yang sudah turun-temurun diwariskan oleh nenek moyang kita, tetapi kadang kita menganggap itu suatu hal yang kuno karena tidak berbau molekuler atau teknologi yang canggih. Anggaplah itu sebagai black box, karena budaya tersebut belum diketahui alasan ilmiah dibelakangnya. Tetapi tidak seharusnya kita tinggalkan begitu saja dengan beralih total pada budaya barat, seperti misalnya pola makan (junk food), budaya dalam bertani, dan obat-obat kimia. Di Jepang dan Cina, hal yang tradisional masih tetap bertahan dan terus dilestarikan meski budaya barat sudah berkembang juga. Jangan sampai suatu saat kita mundur ke belakang, pada kondisi yang lebih terpuruk daripada kondisi nenek moyang kita. Sudah banyak pencarian obat yang dilakukan berdasarkan “etnobotani”, sekarang mungkin saatnya etno-etno yang lain, yang diperkuat dengan teknik biologi molekuler. (diambil dari blog LIPI).

The Perfect Teacher, The Perfect Researcher


Setelah 5 tahun berselang, akhirnya saya kembali lagi ke NAIST untuk belajar sebagai penerima beasiswa Monbusho (MEXT). Saya akan menjalani masa research student saya dan program S3 selama sekitar 4 tahun keseluruhannya, insyaAllah. Kali ini saya belajar di lab yang berbeda. Sensei saya yang dulu sudah hampir pensiun.

Sejujurnya, saya banyak terpengaruh dengan gaya  Kawaichi sensei, bagaimana beliau membangun labnya, mengaturnya, dan juga cara beliau dalam mengajarkan sesuatu. Banyak sekali pesan-pesannya di sela-sela kesibukan mengajarkan teknik-teknik eksperimen kepada saya.

Di laboratorium yang baru, saya banyak membandingkan dengan laboratorium di Kawaichi sensei dan laboratorium saya di LIPI. Laboratorium ini agak kurang terorganisir. Mahasiswanya pintar-pintar dan sangat rajin bekerja. Tetapi dalam bekerja, seringkali mereka mempraktekkan metode modifikasi mereka sendiri yang cepat dan ringkas.

Itulah yang membuat saya kemudian berpikir. Memang, jika kita ingin bekerja dengan cepat dan mudah, kita bisa melakukan itu. Tetapi, ketika kita adalah seorang dosen, atau seorang peneliti, maka seharusnya kita mempraktekkan cara yang terbaik agar bisa meyakinkan hasil yang kita dapat. Juga agar bisa mengajarkan kepada orang lain, cara yang benar dengan penjelasan yang rasional. Jadi, meskipun kali ini saya adalah student, tetapi saya melihat bahwa saya juga peneliti dan pengajar. Jadi saya harus belajar dengan sebaik-baiknya.

“I don’t like kit. Kit makes people fool,” kata Kawaichi sensei. Sensei yang sangat menyukai hal-hal teoritis dan harus melakukan sesuatu dengan mendetail. Misalnya, untuk PCR saja, hingga sekarang beliau tidak memakai kit. Beliau membuat sendiri Taq polimerase-nya. Untuk purifikasi DNA dari gel saja, beliau menggunakan glass beads dan menyiapkan sendiri larutan-larutan yang diperlukan. bukan kit. Beliau juga mengajari teknik lain untuk purifikasi DNA dari gel dengan menggunakan whatman paper.

Continue reading

Microscope from Kawaichi Sensei


Ini adalah kisah satu tahun yang lalu. Senang sekali rasanya mendapat kejutan bahwa Kawaichi sensei menawarkan mikroskop lamanya kepada saya. Alhamdulillah. Saya memang perlu mikroskop untuk di laboratorium kultur sel yang baru. Mikroskop tersebut dititipkan kepada suami saya ketika beliau mengundang suami saya untuk berkunjung ke NAIST selama 1 minggu. Mikroskop ini mikroskop lama, tapi masih berfungsi dengan baik, dan sangat terawat.

Saya pernah tinggal di Laboratory of Gene Function in Animal, NAIST, Japan selama sekitar 10 bulan. Di sana saya belajar banyak hal dan mendapatkan banyak teman. Saya sangat senang, meskipun saya masih sangat muda dan masih lulusan S2, tetapi ternyata Sensei sangat pehatian dan tidak melihat dari kedudukan seseorang. Sensei lebih melihat pada pribadi seseorang, semangat dan keinginan untuk maju dan mengembangkan sesuatu. Saya banyak mendapatkan inspirasi dari beliau.

Image

Gambar 1. Mikroskop datang dari NAIST.

Image

Gambar 2. Suami saya ketika memasang mikroskop. Mikroskop ini dipisah-pisah dahulu bagiannya, termasuk lensa dan filternya yang paling sensitif. Alhamdulillah mikroskopnya tiba dengan selamat.

Image

Gambar 3. Yippee, my new microscope from Sensei 🙂

Pertama kali saya menyalakan mikroskop ini, saking senangnya, saya langsung menghidupkan begitu saja. Karena miksroskop ini 110V, maka diperlukan transformator untuk menurunkan tegangan listrik. Sekringnya putus, tapi saya segera membeli yang baru dan bisa berfungsi lagi. Beberapa lama kemudian, lampu halogen yang terdapat di mikroskopnya pun mati, saya mencari-cari ke toko listrik lampu yang tepat. Tertulis di lampunya 6 volt, 20 watt. Saya tidak menemukan lampu yang sama meskipun sudah berkeliling-keliling. Kemudian saya mencoba lampu 6 volt 12 watt. Hanya beberapa hari saja lampu ini bertahan. Apalagi kami banyak memakai mikroskop untuk menghitung sel dalam jumlah banyak dan juga mengamati single clone di 96 well. Akhirnya saya mencoba lampu 12 volt 20 watt. Ternyata lampu ini lebih tepat dan dapat bertahan lama. 

Terima kasih Kawaichi sensei. Saya akan memperlakukan mikroskop ini dengan baik. Dan mudah-mudahan tetap terjaga selama saya pergi. Aamiin.

Barang siapa ya…


Barang siapa yang rasa berharap pada Allah terlalu besar, maka akan menganggap enteng maksiat. Sedangkan jika terlalu berlebihan rasa takutnya pada Allah, akan membawa pada keputus asaan. Keduanya harus seimbang dan diiringi dengan rasa cinta pada Allah.

Public (does no…


Public (does not) mean no body cares.

Jika tidak ada seorang pun peduli dengan fasilitas atau apapun yang digunakan untuk kepentingan bersama, maka berusahalah untuk peduli dengan niat beramal sholeh. Bukan berarti kita harus ikut untuk tidak peduli. Mudah-mudahan kelak akan mendapat balasan yang terbaik. Amiin.

Seminar tentang Protein Rekombinan: mulai dari teori, modifikasi, formulasi hingga ke aras regulasi


Coming soon! Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Cibinong, 29 Oktober 2013.

Seminar yang bertajuk ‘Prospects and Challenges on Recombinant Therapeutic Protein” ini diselenggarakan atas kerja sama antara LIPI dan NAIST dengan turut mengundang pembicara dari ITB. Topik mengenai protein rekombinan ini sangat menarik untuk dipelajari mengingat dewasa ini produk protein farmasetik banyak menjadi ‘blockbuster drug’ pada aras farmakoterapi. Inilah saatnya bagi kita untuk mempelajari lebih dalam lika-liku mengenai protein rekombinan untuk aplikasi klinis, dari teori, modifikasi, formulasi, hingga pada aras regulasi.

Pembicara dan materi seminar:

Production of Recombinant Protein in Various Expression System

  • oleh Prof. Masashi Kawaichi (Nara Institute of Science and Technology, Jepang)

 Regulation on Therapeutic Protein

  • oleh Dr. Debbie Sofie Retnoningrum (Sekolah Farmasi, Institut Teknologi Bandung)

 Modification of Therapeutic Protein

  • oleh Dr. Asrul M. Fuad  (Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI)

 Protein Formulation

  • oleh Dr. Heni Rachmawati (Sekolah Farmasi,Institut Teknologi Bandung)

 Therapeutic Protein Characterization and Purification

  • oleh Dr. Adi Santoso (Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI)

Waktu dan Tempat

Selasa, 29 Oktober 2013

Tempat: Lt. II Gedung Auditorium

Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Cibinong

 

Fasilitas

Peserta seminar akan mendapatkan seminar kit, sertifikat, makan siang dan coffee break.

Peserta

Peserta seminar meliputi kalangan akademisi, peneliti dan industri yang memiliki ketertarikan atau bidang penelitian protein terapeutik rekombinan maupun protein rekombinan lainnya.

Biaya Seminar

Industri : Rp 300.000,-

Peneliti/dosen : Rp 200.000,-

Mahasiswa : Rp 150.000,-

Pendaftaran

Pendaftaran dapat dilakukan melalui email atau fax dengan melampirkan formulir pendaftaran.

email: proteinterapetik@gmail.com

Fax: 021-8754588

Pembayaran dapat dilakukan melalui transfer ke rekening :

Bank BRI Cabang Dewi Sartika

No rekening 001201092973509

Atas nama Popi Hadi Wisnuwardhani

Bukti pembayaran dapat dikirimkan melalui email atau fax selambat lambatnya tanggal 18 Oktober 2013.

Selamat mengikuti seminar!

leaflet blk

Joint Seminar and Workshop (LIPI-NAIST) on “Prospects and Challenges on Recombinant Therapeutic Protein”


Protein terapeutik merupakan molekul protein yang memiliki aktivitas sebagai obat sehingga dapat digunakan untuk keperluan klinis. Sejak penemuan insulin pada tahun 1920, perkembangan penelitian dan produksi  protein terapeutik mengalami kemajuan yang sangat pesat. Saat ini lebih dari 130 protein atau peptida telah disetujui oleh Food and Drug Administration untuk digunakan dalam kepentingan klinis dan sebanyak  95 protein diantaranya diproduksi menggunakan teknologi DNA rekombinan.

Beberapa faktor yang harus diperhatikan dalam melakukan produksi protein rekombinan adalah : pengetahuan mengenai pemilihan sistem ekspresi untuk memperoleh protein terapeutik dengan sifat dan aktivitas sesuai harapan; penyesuaian dengan regulasi dari badan berwenang untuk tujuan komersialisasi; penguasaan berbagai metode untuk karakterisasi dan purifikasi protein serta pengetahuan mengenai status permasalahan terkini  dari protein terapeutik dan  pemecahannya untuk melakukan pengembangan melalui modifikasi protein.

Saat ini, pemenuhan kebutuhan protein terapetik di Indonesia masih tergantung pada impor sehingga tingginya harga dan ketersediaan merupakan masalah yang tidak bisa dihindari. Berdasarkan pertimbangan tersebut, Kami bermaksud menyelenggarakan seminar dan pelatihan mengenai protein terapeutik. Acara tersebut ditujukan untuk melakukan langkah awal bersama antara berbagai pihak untuk mencapai kemandirian bangsa dalam produksi protein terapeutik (Ratih).

LEAFLET SEMINAR DAN WORKSHOP

Lowongan Asisten Peneliti/Teknisi Honorer – 2013 (batch 2) telah ditutup


Mohon maaf, lowongan asisten peneliti/teknisi honorer untuk Lab Terapetik protein dan vaksin di Puslit Bioteknologi LIPI telah kami tutup.

Selamat untuk Yulaika Romadhani, S.Si., yang telah bergabung sebagai asisten peneliti.

—————————————————————————————

Kami mengundang lulusan dari fakultas/jurusan Farmasi, MIPA, Bioteknologi, maupun Biologi untuk bergabung sebagai Asisten Peneliti/Teknisi honorer di Laboratorium Protein Terapetik dan Vaksin, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, dengan kualifikasi:
1. Lulusan S1/S2, atau yang sedang menempuh S2
2. Diutamakan memiliki pengalaman dalam teknik kultur sel mamalia, teknik-teknik dasar biologi molekuler (kloning, PCR, transformasi, isolasi DNA, western blot, dsb.),atau teknik purifikasi protein rekombinan
3. Rajin, semangat dalam belajar dan bekerja, pantang menyerah, mampu bekerja secara individu maupun dalam tim, outstanding, memiliki ketulusan dalam bekerja

Lamaran dapat ditujukan melalui email: Se_pt27@yahoo.com atas nama Endah dengan melampirkan surat lamaran dan CV. Pertanyaan lebih lanjut silakan via email maupun blog ini.